На сьогоднішній день Долина нарцисів потерпає від низки екологічних проблем, які пов’язані з колишнім господарюванням, оскільки даються взнаки зміни у гідрологічному режимі внаслідок проведення на початку 70-х років минулого століття осушувальних робіт та вирубка лісів на всій території водозбірного басейну. Результатом є відчутні негативні зміни у видовому складі рослинних угруповань урочища: зменшується участь у складі травостою кількість рідкісних вологолюбних видів. Інтенсивне заростання чагарниками витісняє популяції багатьох видів лучних рослин.
Для стабілізації екологічної ситуації у Долині нарцисів науковці ботанічної лабораторії та лабораторії екологічного моніторингу періодично виконують низку наукових та природоохоронних заходів:
- опис рослинності на облікових ділянках для виявлення змін видового складу і структури рослинного покриву у зоні дії шлюзу біля свердловин, які встановлені для спостереження за динамікою рівня ґрунтових вод;
- влаштування на водотоках тимчасової дії перепадів-загат із вербових гілок і оглеєного ґрунту для підняття рівня ґрунтових вод;
- утримання у належному стані свердловин для спостереження за динамікою рівня грунтових вод;
- влаштування гідрорегуляційних шлюзів на головних меліоративних каналах;
- опис рослинного покриву та спостереження за динамікою нарцису вузьколистого на ділянках, на яких зафіксовано пожежі;
- облік рослинності на пробних площах, на яких проводилося і не проводилося сінокосіння;
- картування місцезростань нарцису вузьколистого та півників сибірських;
- облік представників родини Орхідних;
- фіксація розповсюдження інвазивних видів рослин;
- контроль за чисельністю гігрофітів.
Проведення вищенаведених заходів є запорукою належного функціонування даного водно-болотного комплексу та подальшого його збереження для майбутніх поколінь.
Вже другий рік поспіль до реалізації вищенаведених заходів приєднується команда ГО Дунайсько-Карпатська Програма на чолі з Богданом Процем та волонтери.